ขนาดกะทัดรัดและใช้พื้นที่อย่างมีประสิทธิภาพ
การออกแบบที่มีขนาดกะทัดรัดของระบบบำบัดน้ำเสียแบบ MBR ช่วยแก้ไขหนึ่งในปัญหาเร่งด่วนที่สุดที่สถานีบำบัดน้ำเสียสมัยใหม่กำลังเผชิญอยู่ นั่นคือ ความขาดแคลนและต้นทุนสูงของพื้นที่ที่พร้อมใช้งาน โรงบำบัดแบบดั้งเดิมจำเป็นต้องใช้พื้นที่กว้างขวางสำหรับถังตกตะกอน (clarifiers) บ่อเติมอากาศ (aeration basins) และหน่วยบำบัดขั้นที่สาม (tertiary treatment units) โดยมักใช้พื้นที่ถึง 5–10 เอเคอร์สำหรับการติดตั้งขนาดกลาง ขณะที่เทคโนโลยีการบำบัดน้ำเสียแบบ MBR ได้ปฏิวัติการใช้พื้นที่โดยการผสานกระบวนการบำบัดหลายขั้นตอนไว้ในหน่วยเดียวที่มีขนาดกะทัดรัด ทำให้ลดพื้นที่ที่ต้องใช้ลงได้ 50–75 เปอร์เซ็นต์ เมื่อเทียบกับระบบทั่วไป ประสิทธิภาพในการใช้พื้นที่นี้เกิดจากการตัดออกซึ่งถังตกตะกอนขั้นที่สอง ตัวกรองทราย และห้องสัมผัสสารฆ่าเชื้อ ซึ่งแต่ละส่วนล้วนใช้พื้นที่จริงจำนวนมากในแบบแผนการก่อสร้างแบบดั้งเดิม ความเข้มข้นของมวลชีวภาพ (biomass) ที่สูงกว่าซึ่งรักษาไว้ในปฏิกรณ์บำบัดน้ำเสียแบบ MBR โดยทั่วไปอยู่ที่ 8,000–15,000 มก./ลิตร เมื่อเทียบกับ 2,000–4,000 มก./ลิตรในระบบทั่วไป ทำให้สามารถลดปริมาตรของปฏิกรณ์ให้เล็กลงได้ ทั้งยังคงรักษาความสามารถในการบำบัดให้เทียบเท่ากันไว้ได้ สถานีบำบัดในเขตเมืองได้รับประโยชน์จากความกะทัดรัดนี้อย่างมาก เพราะต้นทุนการจัดหาที่ดินในเขตมหานครอาจคิดเป็นสัดส่วนสูงถึง 30–50 เปอร์เซ็นต์ของค่าใช้จ่ายโครงการทั้งหมด การลดพื้นที่ที่ใช้ทำให้สามารถตั้งสถานีบำบัดใกล้ศูนย์กลางประชากรได้มากขึ้น ซึ่งจะช่วยลดต้นทุนระบบรวบรวมน้ำเสียและลดความต้องการพลังงานสำหรับการขนส่งน้ำเสียลงได้ ระบบบำบัดน้ำเสียแบบ MBR ที่มีลักษณะโมดูลาร์สามารถติดตั้งได้อย่างง่ายดายในชั้นใต้ดิน ห้องใต้ดินแบบฝังลึก หรือแม้แต่ในรูปแบบอาคารหลายชั้น เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการใช้ที่ดินสูงสุดในสภาพแวดล้อมเมืองที่มีความหนาแน่นสูง นอกจากนี้ การออกแบบที่กะทัดรัดยังช่วยให้การขยายกำลังการบำบัดทำได้ง่ายขึ้นเมื่อความต้องการเพิ่มขึ้น โดยสามารถเพิ่มโมดูลเยื่อ (membrane modules) เข้าไปในปริมาตรของปฏิกรณ์ที่มีอยู่แล้วได้โดยตรง โรงงานอุตสาหกรรมก็ได้รับประโยชน์จากการที่สามารถติดตั้งระบบบำบัดน้ำเสียแบบ MBR ภายในโครงสร้างอาคารที่มีอยู่แล้ว ซึ่งช่วยหลีกเลี่ยงค่าใช้จ่ายที่สูงสำหรับการเตรียมพื้นที่ก่อสร้างและลดผลกระทบด้านทัศนียภาพลงได้ การประหยัดพื้นที่ไม่จำกัดอยู่เพียงแค่หน่วยบำบัดเท่านั้น แต่ยังขยายไปถึงส่วนอื่นๆ ด้วย เนื่องจากการตัดออกซึ่งถังตกตะกอนขนาดใหญ่และระบบกรองต่างๆ ทำให้ลดความจำเป็นในการวางเครือข่ายท่อที่กว้างขวาง ถนนเข้าถึง และพื้นที่บำรุงรักษาลงอย่างมีนัยสำคัญ ประสิทธิภาพนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งโดยเฉพาะในพื้นที่ห่างไกล ที่ต้นทุนการเตรียมพื้นที่ยังคงสูงเกินกว่าจะรับได้ และการขนส่งวัสดุก่อสร้างก็มีความท้าทายด้านโลจิสติกส์อย่างมาก